Biblioteka Instytutu posiada 23 000 publikacji. Księgozbiór jest nieodzownym uzupełnieniem i pomocą naukową dla osób korzystających z archiwum. Wspólny katalog bibliotek Instytutu Józefa Piłsudskiego w Ameryce, Polskiego Instytutu Naukowego w Ameryce i Fundacji Kulturalnej w Clark jest dostępny online.
W pierwszych latach istnienia Instytutu zbiory biblioteczne pochodziły głównie z agend informacyjnych Rządu Polskiego na Wychodźstwie, działających w Stanach Zjednoczonych. Były to więc publikacje Polskiego Centrum Informacyjnego oraz Ministerstwa Informacji i Dokumentacji w Londynie. Wiele pozycji książkowych pochodziło z polskiego wydawnictwa Rój i Płomyk, paryskiego Instytutu Literackiego, Gryfa i Polskiej Fundacji Kulturalnej.
Podstawowym sposobem rozbudowy księgozbioru są jednak darowizny indywidualne. Swoje zbiory biblioteczne przekazali Instytutowi m.in.: Ignacy Matuszewski, Lucjusz Kupferwasser, Wacław Jędrzejewicz, gen. Tadeusz Kasprzycki, gen. Kazimierz Sosnkowski, ambasadorzy: Józef Lipski i Michał Sokolnicki, senatorowie: Tadeusz Katelbach, Edward Kleszczyński i Władysław Pobóg-Malinowski. Dzięki temu iż książki są pozyskiwane drogą darów, biblioteka wzbogaciła się o unikalny druk wydany w Londynie w 1733 r. autorstwa Wawrzyńca Goślickiego pt. The Accomplished Senator. Jest to wydanie czwarte tego tytułu, pierwsze zostało opublikowane w Wenecji w 1568 r.
Książnica posiada bogatą literaturę z zakresu historii Polski od 1863 r., nie brakuje również pozycji opisujących historię krajów ościennych: Rosji, Litwy, Ukrainy czy Niemiec. Znajduje się tu również bogate piśmiennictwo dotyczące emigracji polskiej.
Ważną część księgozbioru stanowi polska i zagraniczna literatura dotycząca Józefa Piłsudskiego. Należy tu wspomnieć o biografii napisanej przez Mustafa Aleksandrowicza w języku arabskim (wydanej w 1936 r. w Kairze), w języku włoskim Leonarda Kociemskiego (wydanej w 1936 r. w Rzymie) czy w języku czeskim T. Lubaczewskiego (wydanej w 1930 r. w Pradze). W bibliotece znajduje się również rękopis dziennika adiutanta Marszałka, Aleksandra Hrynkiewicza, obejmujący okres od 15 stycznia do 12 maja 1935 roku.
Do niedawna zbiory biblioteki posiadały jedynie katalog kartkowy w układzie alfabetycznym i rzeczowym. Dziś są ponownie katalogowane, tym razem w katalogu komputerowym, który od czerwca 2010 jest udostępniony na stronie wspólnego katalogu bibliotek polonijnych.
Ze względu na skromne warunki lokalowe, zbiory biblioteki podlegają dokładnej selekcji. Dublety są przekazywane do innych książnic na terenie Nowego Jorku, wzbogacają także zbiory Biblioteki Narodowej w Warszawie, Biblioteki Jagiellońskiej czy Biblioteki Polskiej Akademii Nauk w Warszawie. Są też sprzedawane, na cieszących się z roku na rok coraz większą popularnością, kiermaszach książki.