Instytut Józefa Piłsudskiego powstał 4 lipca 1943 r. Wśród założycieli była grupa najbliższych współpracowników Marszałka, którzy w wyniku działań wojennych znaleźli się w Stanach Zjednoczonych.
Podczas II Walnego Zgromadzenia Komitetu Narodowego Amerykanów Polskiego Pochodzenia, zorganizowanego w Hotelu Washington w Nowym Jorku, wyłoniono ośmioosobowy Komitet Organizacyjny, którego zadaniem było utworzenie autonomicznego ośrodka pracy naukowej pod nazwą Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce Poświęcony Badaniu Najnowszej Historii Polski.
Wśród założycieli, oprócz znanych działaczy polonijnych, takich jak: Franciszek Januszewski, Maksymilian Węgrzynek i Lucjan Kupferwasser znaleźli się polscy uchodźcy wojenni, którzy w II Rzeczypospolitej zajmowali ważne stanowiska państwowe: Henryk Floyar-Rajchman – były minister przemysłu i handlu, Ignacy Matuszewski - były poseł na Węgrzech i minister skarbu oraz Wacław Jędrzejewicz - były minister oświaty. Ci trzej ministrowie nadzorowali we wrześniu 1939 r. transport Funduszu Obrony Narodowej i polskiego złota na Zachód, później jednak, gdy polski rząd w Londynie odsunął piłsudczyków na margines życia politycznego, odmawiając im nawet przyjęcia do wojska - zdecydowali się na emigrację do Stanów Zjednoczonych. Nowa placówka nawiązywała do tradycji utworzonego w 1923 r. w Warszawie Instytutu Badania Najnowszej Historii Polski (nazwanego po śmierci Marszałka jego imieniem).
Głównym celem założycieli Instytutu w Nowym Jorku było prowadzenie stałej, niezależnej instytucji badawczo-naukowej zajmującej się nie tylko gromadzeniem, przechowywaniem i badaniem dokumentów dotyczących Polski, ale także popularyzowaniem prawdziwej, niezafałszowanej wiedzy o Polsce i jej historii najnowszej.
Instytut stał się depozytariuszem pochodzącego z Instytutu w Warszawie tzw. Archiwum Belwederskiego uratowanego z płonącej stolicy. Zasoby archiwalne i biblioteczne rosły z latami. Najobszerniejszą część zbiorów, o kapitalnej wartości historycznej, tworzą akta pozyskane już na terenie Stanów Zjednoczonych. Dokumentują one działalność Polonii na przestrzeni ostatnich kilkudziesięciu lat, zawierają materiały pozostałe po wielu wybitnych mężach stanu, politykach i wojskowych. Dzięki aktywności i ofiarności Polonii amerykańskiej, Instytut powiększał swoje zbiory: archiwalne, biblioteczne, numizmatyczne i obrazów. Obecnie archiwum jest wzbogacane dzięki dokumentom przekazywanym przez osoby prywatne i instytucje polonijne, a zbiory biblioteczne rosną głównie dzięki darom Biblioteki Narodowej i Instytutu Pamięci Narodowej.
Pierwsze lata działalności były dla Instytutu okresem walki o przetrwanie. Było ono możliwe głównie dzięki założycielom, kolejnym prezesom i dyrektorom, którzy ofiarowali swój czas, pracę i niejednokrotnie fundusze. Podobnie jak wtedy, tak i dziś działalność Instytutu w dużej mierze opiera się na pracy wolontariuszy, a podstawą finansowania placówki są składki członkowskie i darowizny. Mimo trudności finansowych Instytut rozwijał się. Odbywały się zjazdy i odczyty naukowe, wystawy, ukazywały publikacje o charakterze źródłowym, wspomnienia znanych postaci życia politycznego: Juliusza Łukasiewicza – byłego ambasadora RP w Paryżu i Józefa Lipskiego – byłego ambasadora RP w Berlinie. Z czasem Instytut zaczął przyznawać nagrody za prace historyczne i fundować stypendia dla młodych, niezależnych naukowców.
W związku z działalnością cenzury i niszczeniem w kraju dokumentacji dotyczącej historii Polski, archiwalia Instytutu nabrały szczególnego znaczenia zarówno podczas niemieckiej okupacji, jak i po II wojnie światowej, kiedy Polska znalazła się pod rządami komunistów. Instytut wraz ze swoimi zbiorami nadal odgrywa ważną rolę. Unikatowy zasób archiwalny i biblioteczny przyciąga licznych badaczy: profesorów, studentów, doktorantów i inne osoby, które znajdują tu materiały do publikacji, książek, prac magisterskich i rozpraw naukowych oraz ślady swoich przodków.
W Instytucie w początkowym okresie działalności nie było zawodowych archiwistów, którzy sprawowaliby merytoryczną opiekę nad całością zasobu. Zbiory były jednak przez cały czas dobrze zabezpieczone i udostępniane. Dodatkowo w latach 70-tych większość najważniejszych archiwaliów została zmikrofilmowana. Dzięki zmianom zaistniałym w Polsce po 1989 r. powstała możliwość podjęcia współpracy z polskimi instytucjami i środowiskami archiwalnymi. Od 2001 r., w porozumieniu z Naczelną Dyrekcją Archiwów Państwowych (NDAP) i Biblioteką Narodową, Instytut gości archiwistów i bibliotekarzy z Polski. Wyjazdy tych specjalistów były początkowo finansowane przez Fundację Kościuszkowską i Senat RP (poprzez Fundację SEMPER POLONIA), a obecnie przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
Rozpoczęty w 2001 r. proces kompleksowej modernizacji archiwum i zabezpieczenia zbiorów obejmował między innymi sporządzenie komputerowej ewidencji zespołów archiwalnych, przepakowanie akt do teczek i pudeł z tektury bezkwasowej oraz umieszczenie ich w nowych, funkcjonalnych regałach. Wyposażenie archiwum sfinansowała Fundacja na Rzecz Nauki Polskiej w Warszawie. Opracowywanie archiwów i ich komputerowa ewidencja oraz elektroniczne katalogowanie książek było i jest kontynuowane przez profesjonalnych archiwistów i bibliotekarzy z Polski, którzy co roku przebywają w Instytucie przez kilka miesięcy. Wspólnie z NDAP Instytut podjął następny, realizowany już w Polsce, projekt mający na celu konserwację i zmikrofilmowanie jednej z najcenniejszych swoich kolekcji - Powstania Śląskie. Transport archiwaliów współorganizował Konsulat Generalny RP w Nowym Jorku. Projekt ten był współfinansowany przez województwo śląskie. Mikrofilmy zostały zeskanowane przez Archiwum Państwowe w Katowicach a zdigitalizowane zasoby są częsciowo dostępne na stronie Instytutu poświęconej Powstaniom Śląskim. Prace nad digitalizacją tych zasobów postępują obecnie z pomocą ponad 60 wolontariuszy pracujących w USA, Polsce i innych miejscach na świecie.
Od początku 2009 r. realizowany jest projekt digitalizacji kolekcji zasobów z archiwum Instytutu. Instytut digitalizuje najważniejsze zbiory archiwalne takie jak Archiwum Piłsudskiego. Projekt finansowany jest przez granty Senatu RP koordynowane przez Fundację SEMPER POLONIA. Wraz z NDAP jest realizowany projekt wirtualnego scalania dokumentów pochodzących z kolekcji rozproszonych. Dzięki umowie o współpracy z Instytutem Pamięci narodowej (IPN) podpisanej w 2010 r. co roku przyjeżdżają do Instytutu pracownicy IPN, którzy digitalizują wybrane kolekcje archiwalne. Projekt digitalizacji wspierają wolontariusze i pracownicy współpracujących instytucji w Polsce.
Wybrane kolekcje są już dostępne online na naszej stronie internetowej dającej pełen dostęp do dokumentów dla wszystkich zainteresowanych. Organizacją zaplecza informatycznego i szkoleniem zajmują się wiceprezesi dr Marek Zieliński i dr Artur Kowalski. Dyrektor wykonawczy dr Iwona Korga sprawuje opiekę merytoryczną. Kierownikiem programu digitalizacji jest Marek Zieliński. Cieszymy się z każdego wolontariusza, który pomaga nam w prowadzeniu tej ciekawej pracy.
Od lat Instytut jest placówką promieniującą polskością, otwartą dla ludzi ciekawych Polski i jej kultury. Odbywają się sympozja naukowe, uroczystości z różnych okazji takich jak rocznice czy święta narodowe, gale rozdania nagród, spotkania z historykami, prezentacje książek, projekcje filmów, wystawy, lekcje dla młodzieży szkół polonijnych, kiermasze książek. Bieżąca działalność placówki i bogate zbiory sprawiają, żeInstytut jest żywą skarbnicą wiedzy o Polsce i Polonii amerykańskiej.